《心灵奇旅》是一部哲理性的动画影片。影片围绕着“人”的命题展开，为我们讲述人生的真谛。在故事里，两位主角中学音乐老师乔伊和早熟的灵魂22在意外相识的旅程中探索着生活本源的意义。而我们也随着故事，进行对生命的种种思考。
《心灵奇旅》对“人的个性是在何时产生的”这一问题进行了独特的探讨。从古至今，人类始终在追求这一问题的答案。叔本华曾在书中写道：“一个人的性格并不是巧妙、精心培养以后的结果，也不是偶然所处的环境的产物，而是大自然本身的产物。”影片主旨与这一观点不谋而合，在故事中，“生之来处”是一个灵魂培训的奇幻地方，“火花”代表着每个人的天分。刚诞生的灵魂必须在这里尝试地球的各种活动，寻找自己喜爱的事物，填满地球标记并形成自己的特有性格，才能点燃“火花”，降生于地球。无论你的性格是冷淡的，活泼的，易怒的……在“生之来处”，均是平等的，这也是影片所展现的对人的个性差异的包容精神。在实际生活中，我们也许会担忧自己的个性是否合众，甚至强迫着自己去改变迎合他人。但其实，每一种个性都有它存在的理由，每一个人的火花和人生轨迹都是与众不同的，只有接纳了自我，我们才能更好的接纳生活。
在乔伊和灵魂22身上，我们似乎能看见现实中自己的影子。乔伊拼命地想要得到演出机会，最终却只能作为一只猫来旁观“自己”，而惧怕人类生活的灵魂22却阴差阳错地穿入乔伊的身体，被迫开始学习人的生活。乔伊和灵魂22代表着两种人生的态度：一心追寻自己的梦想的乔伊，但却忽视了周围人对他的爱以及平凡生活的美好；以及与之形成鲜明对比的灵魂22，从最初对生活十分消极，一直无法点燃自己的“火花”，到意外成为一个“人”后，开始体验人类的生活，学习走路、品尝各种食物的味道、与人人进行交谈……这些对我们来说已经司空见惯的事情，于灵魂22而言却是十分新奇的。正是这些平凡的体验，竟填满了灵魂22空缺的地球标记，让它拥有了自己的“火花”。
但是，灵魂22在潜意识中是自卑的，在和乔伊争吵并归还身体后，灵魂22在“生之来处”迷失了自我。另一边，乔伊在梦想的表演结束后，却感到了迷茫：自己梦寐以求的这一天，似乎并没有什么特别之处。他又一次想起了灵魂22，想起灵魂22为每一种新体验而喜悦的样子。他终于领悟到，在过去的人生中，自己从不曾在意过的生活本身的简单美好，在别人的眼中却是那么的美好。这些平凡的瞬间，往往才是最珍贵的。乔伊最终放弃了重生的机会，选择让灵魂22来体验地球生活。此时的他们，都让对方意识到了自己真正寻找的事物。
故事到这里，电影的主题逐渐明晰。它既提醒着无数为理想而奔跑的人们，放慢脚步，回到对人本身最为平凡的生活体验的美好中来，也劝慰那些为自己的平凡而自我否认的人们。 当我们拥有足够的对平凡生活本身的热情，无论是阳光，或是花瓣、云彩，都足以成为我们生命的能量。人生的意义，就藏在对生活美好的发掘当中。